L’Afrique du Sud y renonça suite à un ultimatum de l’URSS. Les troupes zaïroises, elles, sont déjà rentrées en Angola et soutiennent le FNLA. C’est cette coalition qui menace de prendre Luanda. C’est alors que des milliers de soldats cubains affluent pour aider Neto et défont les troupes zaïroises. Les dirigeants du MPLA s’emparent alors de vastes contrées du pays mais ne parviennent pas à vaincre la guérilla de l’UNITA.
Le pays s’enfonce aussitôt dans une guerre civile ethnique, entre le Mouvement populaire de libération de l’Angola (MPLA ou Movimento Popular de Liberação de Angola), soit les métis et les citadins soutenus par l’Union soviétique et Cuba, et d’autre part, l’Union pour l’indépendance totale de l’Angola (UNITA ou União Nacional para a Independencia total de Angola), un mouvement regroupant surtout les Ovimbundus (40% de la population) et appuyé par les Occidentaux (États-Unis et Royaume-Uni) et l’Afrique du Sud. La guerre s’enracine aussi dans la différence de développement entre la côte occidentalisée et moderne et l’arrière-pays moins industrialisé et resté beaucoup plus africain et où le sentiment clanique est encore plus omniprésent.
Alors que les forces du MPLA sont appuyées par des soldats cubains (commandées par le général Arnaldo Ochoa, exécuté par le régime castriste en 1989) et l’aviation soviétique, celles de l’UNITA le sont par des soldats sud-africains. Neto lance une opération militaire au Zaïre voisin dans la région du Shaba et fait noyer des mines afin de nuire à l’économie du puissant voisin.
À la mort de Neto en 1979, Dos Santos prend le pouvoir à Luanda. Politicien habile, il désamorce lentement la guerre en se tournant vers l’Occident, en écartant l’aile radicale de son parti. Les secteurs agricole et minier sont ravagés par la guerre qui fait venir de nombreux réfugiés à Luanda, le pétrole reste la seule source de richesse sur laquelle repose la fortune des hauts fonctionnaires du MPLA, tandis que l’UNITA se finance grâce au trafic de diamants. Même indépendant le pays est encore dépendant du Portugal notamment en matière d’éducation; si l’alphabétisation progresse c’est grâce aux ONG portugaises et brésiliennes qui développent aussi pour la première fois l’enseignement secondaire et universitaire.
En janvier 1984, l’Afrique du Sud obtient de l’Angola la promesse du retrait de son soutien à la SWAPO (mouvement indépendantiste marxiste-léniniste namibien installé en Angola depuis 1975) en échange de l’évacuation des troupes sud-africaines d’Angola. Néanmoins, les troupes cubaines demeurent, tout comme les militaires sud-africains.
En 1988, si la bataille de Cuito Cuanavale entre soldats angolais et cubains contre les forces de l’UNITA, appuyées par l’armée sud-africaine, aboutit à un échec relatif des forces en présence, elle constitue néanmoins un élément déclencheur pour la reprise des négociations sur l’avenir de la Namibie.
Le 20 juillet 1988, un accord en 14 points est trouvé entre l’Afrique du Sud, l’Angola et Cuba. Parmi ceux-ci, la mise en œuvre de la résolution 435 prévoyant des élections en Namibie sous le contrôle des Nations unies en contrepartie du repli du contingent cubain (manifestant le succès du "linkage" formulée depuis 1979 par l’Afrique du Sud avec le soutien des États-Unis depuis 1981).
Le protocole de Genève est signé le 5 août. Les 8 et 12 août, l’Afrique du Sud et la SWAPO acceptent la cessation des hostilités l’une envers l’autre et le 22 août, l’accord de paix est signé entre l’Angola et l’Afrique du Sud à Ruacana.
Le secrétaire général de l’ONU, Javier Perez de Cuellar se rend alors aux Union Buildings de Pretoria pour préparer l’accord de Brazzaville qui aboutit à la signature du 22 décembre préparant le calendrier de la mise en œuvre de la résolution 435 et celui du retrait cubain d’Angola.
En dépit d’une tentative désastreuse d’infiltration de la Namibie par 1200 guérilléros de la SWAPO à partir de ses bases d’Angola le 1er avril 1989, le processus ira à son terme sous l’administration conjointe de l’Afrique du Sud et des Nations-Unies.
Cependant, en Angola, la guerre civile continue avec un peu moins de vigueur. Les accords de Bicesse en 1991 aboutissent à un cessez-le feu et à l’organisation d’élections générales supervisées par les Nations-Unies. Le MPLA remporte 49% des suffrages contre 40% à l’UNITA. Jonas Savimbi, leader historique de l’UNITA, dénonce des fraudes et reprend les armes, cette fois sans plus aucun soutien international. Un second accord de paix est finalement signé à Lusaka le 20 novembre 1994 prévoyant l’intégration des forces de l’UNITA dans l’armée régulière.
En 1995, l’accord est rompu.
En 1997, un gouvernement d’union nationale est formé avec Jonas Savimbi mais en 1998 les combats reprennent après que Savimbi eût dénoncé, selon lui, le manquement du MPLA à ses obligations. Le 28 août 1997, le Conseil de Sécurité des Nations unies impose des sanctions contre l’UNITA.
En 1999, le MPLA tente alors le coup de grâce et déclenche une offensive militaire massive contre le quartier général de L’UNITA et ses principaux bastions. Les opérations se soldent par un succès général malgré la fuite de Savimbi.
Le 22 février 2002, Jonas Savimbi, est finalement abattu lors d’un assaut de l’armée gouvernementale.
Le 4 avril 2002, un nouvel accord de cessez-le-feu est signé mettant fin officiellement à 27 ans d’un conflit (1975 - 2002) qui a fait un demi-million de morts (soit 115 par jours) et entraîné le déplacement de quatre millions de personnes. L’agriculture et les transports ont été presque entièrement détruits. Malgré l’aide alimentaire, la famine tue et le pays ne vit que de l’exportation du pétrole. Comme d’autres pays, l’Angola réclame des indemnisations et des aides financières, que le Portugal et l’Union européenne lui accorde sous forme d’aide au développement (écoles, eau potable, routes, hôpitaux) ou de visas de travail. En dépit de la guerre civile, la scolarité, certes médiocre, a beaucoup augmenté (15% d’enfants scolarisés en 1975, 88% en 2005). Le Vatican et de nombreuses missions protestantes encadrent également les populations depuis l’indépendance.